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发稿时间：2019-11-18来源：天昊生物

前段时间为大家介绍了2018年发表在nar杂志上的m6avar数据库 （链接：【昊工具】m6avar数据库：又一个热点，前沿的宝藏数据库），我们提到这个数据库收集了可能影响m6a修饰的基因组snp信息，因此是研究m⁶a相关变异和疾病间的关系的一种有用资源。今天小编就来带大家阅读一篇生信挖掘文章，一起来看看作者是如何利用公开的gwas数据和在线数据库，阐述“m6a snp---影响基因的m6a修饰---影响基因的表达---gwas表现阳性信号”这一可能的遗传学机制并轻松发表if4 的文章的吧！文章题目：in silico genome-wide identification of m6a-associated snps as potential functional variants for periodontitis.影响因子：4.522 pmid：31245852期刊年卷：j. cell. physiol. 2019 jun 27

研究背景

※牙周炎（pd）是一种常见的炎症性疾病,目前已报道的pd相关位点多位于非蛋白编码区，很难解释其功能。

※影响rna m6a修饰的一组snp，可能是一类重要的功能基因组位点。

研究方法

※下载pd 

一个公开gwas的统计数据（非基因型原始数据，而是是统计值数据，表型为牙龈沟液的interleukin (il)‐1β表达水平）

※下载m6avar数据库的m6a相关snp列表（http://m6avar.renlab.org）：包括13,703 个高度可信snp位点 (miclip/pa‐m6a‐seq experiments), 54,222 个中度可信位点(merip‐seq experiments)和245,076个低可信度位点 (random genome prediction based on random forest algorithms)

※haploreg数据库查询：haploreg 数据库 (http://archive.broadinstitute.org/mammals/

haploreg/haploreg.php) 除了可以注释snp，同时还收集了很多snp的调控信息，其中包括来源于13个人类表达数量调控性状位点研究的数据（包括多种组织和细胞系），这样便可以查阅snp是否有证据在某种组织或细胞中调控某个基因表达的调控作用。

※regulomedb数据库查询：regulomedb (http://regulome.stanford.edu/) 和haploreg数据库类似，为基因组snp提供了大量的调控证据数据，可以查询snp 是否影响蛋白结合，改变motif或者影响dnase，从而阐述snp可能的调控作用。※ncbi geo数据库：ncbi geo(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)收录了很多公开的表达谱和测序数据，作者下载了牙龈组织基因表达相关的四个数据集。

研究结果

图：研究流程图和主要结果

※pd gwas的阳性关联snp与m6avar数据库下载的m6a-snp取交集，共获得104个pd相关m6a-snp

※在haploreg数据库查询这些snp是否为所在基因eqtl，结果发现65个位点显示eqtl信号，同时，研究者注释了最阳性的20个snp的其它调控证据（下表）。

※针对这65个snp，作者下载了geo的牙龈表达数据，探究了这些snp所在基因是不是在患者和对照中存在差异表达。最终，作者发现48个基因至少在一个数据中表达出差异表达，提示这些m6a snp可能通过影响m6a修饰，进而影响基因的表达，最终参与了pd疾病的发生，从而在pd gwas研究中表现出阳性信号。一个典型的pd相关位点rs2723183，与pd相关（p=3.93e-07）,同时调节il37基因的的表达，并且il37基因在3个数据集中的患者和对照牙龈组织存在差异表达。

研究结论

m6a-snp可能通过调控基因的表达而参与pd疾病的发生发展。

通过这篇生信挖掘文章，至少有四个宝藏数据库值得大家了解，说不定就可以让你的研究事半功倍哦。

m6avar数据库：

haploreg数据库：http://archive.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php

regulomedb 数据库：

ncbi geo数据库：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo