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发稿时间：2020-06-17来源：天昊生物

许多老师在看到我们的超高通量ssr分型技术--ssrseq^tm技术后，都希望能将该技术应用到自己的研究当中去，但往往不知如何下手。今天我们就简单讲一下在应用ssrseq^tm进行分型之前应该做的准备工作。

1、待研究物种ssr数据信息的搜集

这里给老师们介绍一个非常强大的ssr数据库--微卫星数据库(microsatellite database，msdb)。这个数据库是迄今为止收录多物种ssr注释数据最全的一个数据库，于2019年10在《nucleic acids research》上发布，涵盖了37262个物种之多，您想要的ssr位点信息这里基本都有。详细介绍请点击：（）

msdb网址：https://data.ccmb.res.in/msdb/

2、后续ssr位点的筛选

在经过第1步msdb数据库搜索后，我们通常都会得到几十万到几百万不等的ssr位点。我这里随机检索了人、小鼠、黑腹果蝇和拟南芥的ssr信息，结果如下：

我们要如何从这么多ssr标记里，有效的筛选一定数量ssr，用于后面大群体分型呢？这里有一些需要考虑的因素，这里参考2014年发表的文章《qdd version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate》的建议，包括：通过从单体而非共有序列中选择ssr，对扩增成功可能性增加的引物对进行优先排序，选择单一重复而非多个基序序列，在引物和重复基序之间显示至少20 bp，侧翼区域显示高度复杂性(例如，没有微小卫星（minisatellite），侧翼区域没有其他ssr，侧翼区域或引物没有同聚物)。另外，选择具有最高重复数的ssr，以增加选择多态性位点的概率，避免可能形成发夹的基序，如at重复，并在可能时包括多种二、三和四核苷酸重复。具体的案例可以参考（）这篇文章。

当做完上面两项工作之后

就赶紧联系太阳成tyc7111cc

进行ssrseq^tm的分型工作吧！

关于天昊

天昊生物具有多年ssr分子标记检测及分析经验，天昊生物可以提供ssr分子标记的一代毛细管电泳检测，并且基于二代高通量测序技术开发出ssrseq^tm专利技术, 可以根据客户项目需求，提供不同数量样本和位点的高性价比ssr检测服务。

基于二代测序平台的ssrseq^tm专利技术

我们期待成为您ssr分型检测的优质服务太阳成tyc7111cc的合作伙伴，欢迎联系太阳成tyc7111cc具体咨询！

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