基因组改变是癌症的特征,许多种类癌症携带特有的畸变,它们为疾病的成因和预后提供线索。近期,blood期刊新文研究发现,基因组变异情况对滤泡性淋巴瘤患者的预后至关重要。下面,小编就和大家一起来看看这篇文章有怎样的新发现吧。
研究背景
l 滤泡性淋巴瘤(fl)是一种临床结果多样的异质性疾病。尽管蒽环类药物和常规利妥昔单抗治疗已经在近80%患者中达到10年左右的总生存率,但20-30%的fl患者仍然会在诊断/治疗后的2年内发生疾病进展。这些患者急需治疗前的风险评估策略,而现有的策略主要是一些基于临床指标的方法,如滤泡性淋巴瘤国际预后指数(flipi),prima-prognostic 指数等。
l 风险评估策略中整合肿瘤基因组变异已被证明可改善fl预后预测。如最新提出的临床风险模型(m7-flipi评分),整合了包括肿瘤基因组突变等三个方面的信息(7个基因的突变情况,flipi分值和ecog评估),进一步提高了滤泡性淋巴瘤(fl)的风险分类。
l 除致病突变和异常基因表达外,研究发现fl中微观或亚显微的染色体畸变非常多见;还有一些显示有预后影响。但到目前为止,这些基因组结构变异还未应用于临床的风险分层和预后指导。
研究方法
l 样本: swog s0016试验来源的255个ffpe淋巴瘤组织标本
l 检测方法:affymetrix oncoscan™ ffpe芯片实现染色体基因组阵列检测(cgat),检测肿瘤组织全基因组拷贝数变异和杂合性缺失(loh)信息; chromosome arm based aberration code (cac)方法筛选候选染色体臂;survival predictive power analysis(ssp)方法筛选候选基因组区段。
l 分析内容:评估拷贝数变异和拷贝数中性的杂合性缺失(cnas,cnloh)对早期进展(2年内进展或死亡)、无进展存活期(pfs)和总体存活率(os)的影响;探讨基因组变异与疗效的相互作用情况
研究结果
l 染色体异常在fl中为多发事件:在246例获得有效实验结果的样本中,242例(98.4%)表现出基因组拷贝数异常(平均异常事件个数为8)。
图:fl样本中基因组变异总数汇总
l 基因组复杂性增加(变异总数)与fl预后不良相关(p=0.022)。变异总数增加也与更差的无进展存活期(pfs)和总体存活率(os)相关。
图:fl样本中基因组变异总数与更差的生存情况正相关
l 特定的染色体臂对临床预后至关重要:染色体2p上的cnloh可预测早期进展;17q的基因组获得(>1mb,下同)与更差的无进展存活期(pfs)相关;2p的基因组获得和2q, 8q, 16p, 17p以及 22q的基因组缺失与更差的总体存活率(os)相关。
l spp分析确定与生存相关的重要基因组区段。确定212, 442, 和 402个基因组区段与早期进展,pfs,os相关。
图:spp分析确定的与生存相关的重要基因组区段(仅列出统计显著的)
l 治疗与基因组变异相互作用情况:染色体16p上出现大片段缺失(>1mb)的患者,chop-rit治疗效果可能优于chop-r.
l 预后标志物和基因组复杂度:分析提示除了染色体4q和5q上的变异,其它检测出的基因组变异预后标志物与高基因组复杂度相关。
l 预后标志物的独立样本验证:对m7-flipi研究中glsg2000和bc cancer人群样本进行预后标志物的独立样本验证,结果发现在我们的预后标志物列表中有4个基因,也在基于二代测序的m7-flipi研究中被提示拷贝数变异与预后相关。在m7-flipi 研究中, cdkn2a和tp53缺失与更差的pfs相关 (p<0.05,pairwise log rank test); cd79b的重复和crebbp 的缺失则不相关。同时考虑四个基因时,至少携带2个基因异常的患者pfs更差,且显著,这一结果与本研究一致。l 遗传标记降低了临床预后因子的预测显著性:对于230例同时拥有遗传和临床因子信息的患者,分析表明:对于pfs,在不考虑基因组变异量情况下,临床预后因子的共同预测作用显著(p<0.0001);在矫正了基因组变异情况后,结果不再显著(p=0.69);对于os,在不考虑基因组变异量情况下,临床预后因子的共同预测作用显著(p<0.036);在矫正了基因组变异情况后,预测效果降低且结果不再显著(p=0.091)。
研究结论
对于尚未治疗的fl确诊患者,采用cgat评估基因组变异可提高患者的风险分层,为靶向治疗的进一步发展提供支持。
参考文献:
xiaoyu qu,et al. genomic alterations important for the prognosis in patients with follicular lymphoma treated on swog study s0016. blood 2018 :blood-2018-07-865428;