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发稿时间:2018-05-29来源:天昊生物

 

近期,天昊客户在动植物叶绿体/线粒体测序领域持续发力,sci文章不断。仅以springer出版社发行的生物遗传多样性保护领域sci期刊--《conservation genetics resources》这一种杂志为例,在短短的一年多时间里,用“genesky”(“天昊”英文名称)关键词搜索到天昊客户发表的文章就多达7篇,研究对象涉及落叶松、植物药材乌头、红豆杉、高山马先蒿、四叶紫菀、粗榧等。再结合过去几年公司承接的同类项目百余项,客户发表文章40多篇,累计影响因子60余分,这些成绩的取得无不突显了天昊生物在动植物叶绿体/线粒体测序项目中的技术及服务优势。

 

 

springer出版社发行的《conservation genetics resources期刊网站太阳成集团tyc7111cc首页

天昊客户近期在《conservation genetics resources上发表的动植物叶绿体测序文章列表

下面就以20183月最新发表的中国粗榧为例,跟小编一起看一看文章的基本研究内容。

 

文章题目:characterization of the complete chloroplast genome of cephalotaxus sinensis (cupressales: taxaceae), an endangered tertiary relict tree endemic to china

中国第三纪特有孑遗种粗榧完整叶绿体基因组特性研究

研究背景:

粗榧是第三纪濒危地方性残留树种, 具有较高的药用价值。为了促进其保护遗传学研究, 本文利用 illumina 高通量测序技术,对其完整叶绿体基因组进行了组装。

研究方法:

用dneasy plant mini kit (qiagen,german) 从将粗榧鲜嫩叶片中提取基因组dna,质检初步合格后,送上海天昊生物有限公司进行高通量dna测序。利用illumina hiseq 2500测序系统共产生了15.4 m 150-bpraw reads,平均测序深度达到叶绿体基因组的214x,用clc genomics workbench v9 (clc bio, aarhus, denmark)对数据进行质控,并mitobim v1.9软件(https://github.com/chrishah/mitobim)对叶绿体基因组进行组装,以cephalotaxus oliveri (kc136217)的叶绿体基因组为参考基因组。利用geneious r10软件 (biomatters ltd., auckland, new zealand)对叶绿体基因组进行注释,并利用ogdraw软件(http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de)绘制物理图谱。系统进化树利用mega6软件()进行。

 

研究结果:

叶绿体基因组全长为135646 bp,具有不对称的碱基组成 (32.5% a17.6% c17.5% g32.4% t),共编码了113unique基因 (包括82蛋白质编码基因、27trna基因和4rrna基因),其中trnq-uug具有基因组复制现象。此外,14个基因 (atpfndhandhbpetbpetdrpl2rpl16rpoc1rps12rps16trna-ugctrng-ucctrni-gautrnk-uuu) 具有一个内含子, 另一个基因 (ycf3) 有一对内含子。系统进化分析基本上支持了目前柏目(cupressales层次分类的顺序, 揭示了粗榧与同源物种蓖子三尖杉的密切关系。

 

 

1、粗榧叶绿体基因组的物理图谱。外圆外侧显示基因按照顺时针方向转录,而外圆内侧显示基因按照逆时针方向转录。内圆中的浅虚线区域和深灰色区域分别表示基因组的a tg c含量

 

 

2、基于叶绿体蛋白质编码基因(protein-coding genespcgs)对cupressales 38种植物的系统发育关系的nj分析,分类单元为属级水平

 

关于天昊

天昊生物具有丰富的动植物叶绿体、线粒体细胞器基因组和dna条形码检测项目经验,为客户高效发表sci文章提供技术保障,我们期待成为您细胞器基因组测序和dna条形码检测的优质服务太阳成tyc7111cc的合作伙伴。

 

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