一、软件简介:
popgene软件是由francis yeh、rongcai yang和timothy boyle共同开发的用于分析群体间及群体内遗传变异的一款免费软件。该软件主要基于windows操作系统,使初学者更容易进行群体遗传学分析,完成科学可靠的数据统计。目前最新的popgene版本为1.32,专为使用单倍体和二倍体数据分析共显性和显性标记而设计的。popgene可以进行常用的遗传统计(例如,等位基因频率、基因多样性、遗传距离、g-statistics、f-statistics)和复杂的遗传统计(例如,基因流,中性检验,连锁不平衡,多位点结构分析等)。软件数据处理限制: 1400个群体,150个组,1000个位点和一个位点最多52个等位基因型数据。
软件网址:
二、软件界面及指令介绍:
co-dominant marker:共显性标记,即同时能检测出显性和隐性等位基因,能够区分纯合和杂合基因型的遗传标记。
dominant marker:只能按有无扩增条带进行分析,并且无法区分杂合基因型的遗传标记。
co-dominant marker data:调用co-dominant 标记数据进行群体遗传分析。
dominant marker data:调用dominant 标记数据进行群体遗传分析。
quantitative trait data:调用数量性状数据进行群体遗传分析 。
1、窗口菜单haploid data可以分析内容包括:
gene frequency:利用原始数据评估每个位点的基因频率。
allele number:等位基因的数量统计。
effective allele number:纯合性评估。
polymorphic loci:具有多态性位点占所有位点百分比。
gene diversity:nei’s基因多样性评估。
shannon index:shannon信息指数,基因多样性程度的评估指标。
homogeneity test:构建双向列联表并对群体基因频率进行卡方和似然比检验。
f-statistics:对nei’s的gst等进行评估。
gene flow:通过gst或者fst对基因流进行评估。
genetic distance:判断 nei’s及无偏遗传特性和遗传距离。
dendrogram:用 upgma 绘制基于 nei’s 遗传距离的树形图。
neutrality test:进行ewens-watterson中性检验。
two-locus ld:判断位点和卡方检验的配子不平衡。
brown:计算观察到的和预期的k值,以及群体随机选择到杂合位点的数目。
smouse:最常出现的等位基因为1,其他等位基因为0。用于估计群体内平均位点间相关性。
2、窗口菜单diploid data可以分析内容包括:
genotypic frequency: 根据原始数据估计co-dominant markers在每个位点基因型观察频率。
hw test:在随机杂交的情况下,计算预期的基因型频率,并且对每个位点进行hardy-weinberg平衡的卡方检验和似然比检验,仅限于共显性标记。
fixation index:利用fis作为杂合子缺失或过量的评估标准。
obs. homozygosity:判断给定位点观察到纯合子的比例。
exp. homozygosity:判断随机杂交的情况下预期纯合子的比例。
三、数据格式(以diploid data为例)
四、结果展示:
文件基本信息:
等位基因频率信息:
位点统计结果:
关于天昊:
天昊生物拥有多种ssr检测平台及ssrseqtm等专利技术,可以根据客户项目需求,提供不同数量样本和位点的高性价比微卫星检测服务。