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发稿时间:2017-10-30来源:天昊生物


摘要: ssr与精细定位

ssr (simple sequence repeats简单序列重复)是一种常用的遗传分子标记。之前小编给大家介绍了ssr在遗传多样性、群体结构和性状关联分析中的应用()。除此之外,ssr还可以在基因的精细定位中发挥作用。

要做到“精细定位”,既需要该区间存在足够多的分子标记,又需要有足够多的重组事件发生,二者缺一不可。没有足够的分子标记,就无法进一步缩小区域范围;没有重组事件发生,则无法衡量分子标记与目标基因的距离。要获得高密度的标记,通常需要在基因组或者转录组测序获得序列信息后,利用相应生信工具进行标记开发;要增加重组事件发生,往往要靠扩大群体来实现。下面小编就以大豆花叶病毒(smv)抗性基因精细定位为例,跟大家分享两篇近期发表案例。

1、大豆花叶病毒新的抗性基因rsc15的精细定位及鉴定

 

发表时间:20178月  发表期刊:theor appl genet. 影响因子:4.132

研究背景:

大豆花叶病毒是一种严重危害大豆产量的病害,前期研究发现有些大豆品种具有很强的抗病表型,后发现多个抗病基因(rsv1,rsv3, rsv4,rsc3,rsc4,rsc7,rsc8, rsc14)。作者前期发现一个新的基因rsc15本文在此基础上利用构建的ril群体对其进行精细定位。

样品选取:

抗病品种rn-9与易感品种7605杂交后的f1f2 (315个单株)ril群体(216 f7:11个株系植株)。

ssr标记的选择:

15个ssr标记用于初定位结果的验证 (satt640, satt227,sat_153, satt322, sat_213, sat_246, satt286, satt277,satt557, satt658, satt100, satt708, sat_238, staga001, satt433),132 ssr标记用于精细定位(108个区域ssr标记ssrhunter软件新开发的24ssr标记)。

表型鉴定:

1、不同群体材料抗病性表型鉴定

 

1结果表明,f2群体抗病和不抗病植株为3:1rils群体抗病和不抗病植株为1:1,经过卡方检验,与孟德尔分离比率一致,表明该性状主要有一个主效基因控制。

利用ril群体进行精细定位:

 

1、遗传连锁图谱

前期研究,将rsc15初步定位在6号染色体sat_213和satt286之间的14.6 cm (~1.6 mb) 区域(图1)。通过在父母本植株中对132ssr多态性检测,发现18ssr具有多态性,用于216ril群体株系基因型检测,最终利用join map 4.0mapchart 2.2软件构建遗传图谱,根据最小对数似然比lod3建立连锁群,最终把rsc15定位在了ssr_06_17和 barcsoyssr_06_0835之间(图1)。

 

2smv抗性基因(rsc15)的遗传和物理图谱

通过分析标记在大豆williams 82参考序列 (glyma wm82.a2.v1)中的位置,确定了rsc15位于95kb的一段区域内(图2-c),包含5个预测基因,通过测序发现只有 gmpex14(glyma.06g182600)具有多态性,除此之外,侧翼区域的glyma.06g175100, glyma.06g183500 和glyma.06g184400也具有多态性,也归为潜在的候选基因(图2-d, 2)。

2、候选基因列表

 

后面通过在不同组织及不同病毒处理时间下候选基因表达检测,以及对抗逆相关的h2o2浓度、cat和pod活性检测,最终发现它们之间存在着高度的相关性(图3)。

3rn-9gmpex14表达水平与h2o2浓度、cat和pod活性的相关性分析

文章总结:

整篇文章从新ssr分子标记的开发、扩大的ril群体构建,到从抗病表型和基因型检测,再到精细定位后候选基因表达及后续功能分析一气呵成,还是比较完整的一篇文章。美中不足就是在功能方面,如果能将抗病品种rn-9中的gmpex14转到易感品种7605中,并分析其抗病能力的话,文章将更上一个台阶。

2、具有smv抗性的大豆品种suweon97相关基因rsv1-h的精细定位

 

发表时间:20168月  发表期刊:theor appl genet. 影响因子:4.132

样品选取:

对sc6-n 和sc7-n具有抗性的抗病品种suweon 97与易感品种williams 82,及其杂交后的f1f2 (267个温室种植单株及1150个大田种植单株)f2:373个单株)和f3:413个株系)群体。

 

4、精细定位流程图

ssr标记的选择:

13号染色体的之前定位的rsv1区域发现有128ssr标记,22个在父母本中显示出多态性。

表型鉴定:

3f2群体抗病性表型鉴定

 

3结果表明,f2群体抗病和不抗病植株为3:1经过卡方检验,与孟德尔分离比率一致,表明该性状主要有一个主效基因控制。

 

为了验证是否真正连锁,选用13_1103和13_1187两个标记对1,150 f2单株进行群体基因型检测,在suweon 97和williams 82中具有相同基因型的分别记为1103ss1187ss1103ww1187ww,最终分别得到262株和285株。自交后得到f3代,随机选取100粒种子种植后进行抗病表型检测,最终验证了之前的连锁结果(图4)。

 

5、重组f2代单株基因型物理图谱及对应f2:3植株抗病表型

此外,还检测到529f21103sw1187sw杂合植株,另外74株在13_1103和13_1187两个标记之间发生重组(1103ss1187ww1103ww1187ss),然后利用剩余20ssr对这74个重组植株进行基因型检测,进一步寻找重组交叉点,最终将rsv1-h定位在suweon 97品种的13_1114和13_1115附近区域(图5)。

 

 

613个重组f3:4株系基因型物理图谱及对应抗病表型

种植13f2:3株系,选取在重组位点左右两段均为纯和且分别来自父母本的f3:4进行表型鉴定,进一步验证了rsv1-h在suweon 97品种的13_1114和13_1115附近区域(图6)。

4、候选基因列表

最后,本研究根据定位到的~97.5kb区域进行基因组分析,寻找到8个可能的候选基因,其中2个可能与抗病有关。文章并未对基因的功能进行深入探讨。

 

通过对以上两篇文章的解析可以发现,利用ssr分子标记进行基因精细定位的思路十分清晰:构建群体,筛选有多态性的ssr,基因型及表型分析,遗传及物理图谱定位,根据基因组信息列出候选基因,进行表达量等功能分析。思路流程理清了马上开始着手实验,一篇4分多的文章就在不远的前方!

 

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